Остров Гаити был открыт Христофором Колумбом и назван им Эспаньолой. С заселением испранцев коренное население стало вымирать - не только от репрессий, но и от завезённых европейских болезней, к которым у индейцев таино не было иммунитета. Испанская заинтересованность в острове начала спадать после обнаружения более прибыльных золотых и серебряных месторождений в Мексике и Южной Америке. Испанский король, напуганный атаками пиратов с Тортуги, приказал всем колонистам переселиться ближе к столице владения — Санто-Доминго. Это решение привело к противоположным результатам — английские, голландские и французские пираты стали устраивать базы на оставленных северном и западном берегах острова. Потом Франция формально предъявила претензии на часть острова Гаити, и французы основали новые поселения.

Пуэрто-Рико первоначально получил название Сан-Хуан-Баутиста в честь святого Иоанна Крестителя, но в конечном счёте остров стал Пуэрто-Рико, что в переводе означает «богатый порт». Колонизация острова испанцами началась в 1508 г., когда из Санто-Доминго (остров Гаити) прибыл с отрядом конкистадоров Хуан Понсе де Леон, первым губернатор острова, основавший город Капарра, который позже был перенесён на новое место и стал столицей острова - портом Пуэрто-Рико. С названием государства и его столицей связан географический курьёз. Остров первоначально был назван в традициях испанских колонизаторов Сан-Хуан в честь христианского святого. Столица, соответственно, получила имя Пуэрто-Рико (Богатый порт), но впоследствии картографы «перепутали» названия.

Остров вскоре был колонизирован испанцами. Африканские рабы ввозились в качестве бесплатной рабочей силы взамен быстро уменьшающегося индейского населения, вынужденного работать на испанскую корону. В конце концов, индейцы таино полностью вымерли в результате болезней, которые принесли с собой испанцы и африканцы, а также от тяжёлых условий жизни, в которых они оказались. Пуэрто-Рико быстро стал важной крепостью и портом испанской империи в Карибском море. Однако, в конце XVII века в центре колонизации всё же оказались более преуспевающие территории материка, а не остров, обедневший вследствие сокращения численности населения. Для защиты от угрозы со стороны европейских врагов Испании на острове постепенно возникли различные форты и крепости, такие как Ла Форталеса, Фуэрте Сан Филипе дел Морро и Сан Кристобаль. Французы, голландцы и англичане неоднократно делали попытки захватить Пуэрто-Рико, но терпели поражение в попытках длительной оккупации острова.